Sledge は規約があまり無くてディレクトリレイアウトとかが設定に左右されてしまうのですが、他社がどんなレイアウトなのか気になるので晒してみる。
./project
./view - テンプレート
./htdocs - 静的ファイル、画像とか CSS とか
./lib - *.pm
Projec/Pages.pm
./misc - SQL とかメモとか
./etc - 設定ファイル系、エラー文言とか、Apache の conf とか
./bin - コマンドラインツール、バッチとか
./t - テスト
社内用途だとこんな感じで雛形生成してます。