タイトルだけだとなんの事やら分かりませんが。。
やりたい事としては、以下のようなテンプレートをバッチで処理して[% foo %]だけを処理したテンプレートを生成、そのテンプレートを Web アプリから読んでリクエスト毎に [% bar %] だけを処理したいって事です。
つまり、バッチ処理後に [% bar %] って文字列が残ってれば OK です。
<html>
<head>
<title></title>
</head>
<body>
[% foo %]
[% bar %]
</body>
</html>
[% bar %] をエスケープ出来ないかなと思って、以下のように書いてみたけど、 \ がそのまま出力されてしまって駄目。。 
\[\% bar \%\]
なんとなく勘で以下のように書いてみたらパースエラー 
[% '[% bar %]' %]
結局、以下のように書いたら思った通りの事が出来ました。 
[% '[' _ '% bar %' _ ']' %]
もっとうまいやり方あったりするのかな。。

Perl Template Toolkit